В этом же институте Афонский продолжил свою трудовую деятельность: в 1987 году ему доверили руководство студенческим профкомом, а с 1989 года на протяжении 9 лет он преподавал педагогику и методику спортивной подготовки. В течение 4-х лет Владимир Афонский работал директором регионального футбольного клуба «Арсенал». В 2004 году защитил кандидатскую диссертацию по теории и методике физического воспитания «Организация и содержание тренировочного процесса на этапах годичного цикла подготовки квалифицированных футболистов».
В 2004 году туляки доверили Владимиру Игорьевичу представлять их интересы в Тульской областной Думе. В том же году тульский депутат возглавил региональный исполнительный комитет регионального отделения Всероссийской политической партии «Единая Россия».
С 2004 по 2009 годы Владимир Игорьевич занимался вопросами СМИ и информационного обеспечения в должности председателя комиссии Тульской областной Думы, затем возглавлял комитет по вопросам социального законодательства и охраны здоровья населения. С 2008 года Афонскому Владимиру доверено руководство региональной общественной приемной председателя партии «Единая Россия» В.В. Путина в Туле.
Вновь избранный в 2009 году депутатом от партии «Единая Россия» Владимир Игорьевич был назначен заместителем председателя Комитета по вопросам бюджета и налогов Тульской областной Думы.
С 2011 года Владимир Афонский является депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации шестого созыва. До октября 2016 года был также заместителем председателя Комитета по вопросам собственности, членом президиума фракции «Единая Россия», возглавлял депутатскую группу по связям с парламентом Чешской Республики, был депутатом Парламентского Собрания Союза Белоруссии и России руководителем межрегионального координационного совета партии «Единая Россия».
С 2016 по 2021 год Владимир Афонский работал депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации седьмого созыва, заместителем председателя комитета по транспорту и строительству, заместителем председателя комитате по транспорту, руководителем секции железнодорожного транспорта экспертного совета по транспорту при Комитете Государственной Думы по транспорту и строительству, заместителем руководителя экспертно-консультативного совета по совершенствованию законодательства в сфере физической культуры, спорта и развития внутреннего туризма, являлся членом Правительственной комиссии РФ по безопасности дорожного движения. Входил в топ-100 самых эффективных парламентариев по интегральному рейтингу депутатов ГД ФС РФ.
В настоящее время работает в компании ОАО «Российские железные дороги», является федеральным координатором проекта «Безопасные дороги» партии «Единая Россия», членом Центральной контрольной комиссии партии «Единая Россия», членом Комиссии Президиума Генерального совета Партии «Единая Россия» по работе с обращениями граждан к Председателю Партии, членом комитета по оперативным вопросам ВОО «ВСМС», членом президиума СОЖТ.
В 2004 году туляки доверили Владимиру Игорьевичу представлять их интересы в Тульской областной Думе. В том же году тульский депутат возглавил региональный исполнительный комитет регионального отделения Всероссийской политической партии "Единая Россия".